Una vez utilizada, el agua residual va a parar a la red de saneamiento, que facilita la recogida de las aguas residuales y pluviales. La red de alcantarillado de Paterna está formada por un total de 330 km de colectores, de diámetros comprendidos entre 200 y 3.000 milímetros, de los que 257 km corresponden a la red de aguas fecales y otros 73 km a la de evacuación de pluviales. Además, Paterna cuenta con un total de 8 estaciones de bombeo.

La limpieza del alcantarillado municipal se realiza de forma preventiva y programada teniendo en cuenta las características físicas de los tubos (pendiente, material, etc.) con la finalidad de priorizar aquellos sectores o calles que puedan presentar más problemas de obstrucciones y atascos en red.

Las aguas residuales son conducidas hasta la Estación Depuradora de Aguas Residuales, situada en la carretera Paterna–Manises. Las aguas pluviales se evacuan al río Turia, Barranco de la Font y al Barranco de Endolsa.

Se tienen registrados hasta 22 puntos de desbordamiento a cauce público. Para el control de estos puntos de desbordamiento se disponen de 8 equipos que permiten conocer en remoto si se producen vertidos en tiempo de lluvia y poder cuantificarlos.

Desde su creación ha sido objeto de Aigües de Paterna la erradicación de los problemas medioambientales y de inundaciones sufridos por el municipio, por ello ha desarrollado las actuaciones de captación y evacuación de aguas pluviales, tanto soterradas como en superficie.

Fruto de esta inquietud, Aigües de Paterna apuesta de forma decidida en los últimos años por la implantación de Técnicas de Drenaje Sostenibles, actuaciones tales como la ejecución de las balsas de laminación de la calle 133 de La Cañada o futura implementación de pequeños tanques de tormentas soterrados en Tiro Pichón y el barrio de Terramelar. Además se van a disponer de zanjas de infiltración en el entorno del Barranco del Rubio, en las calles 374, 375 y 345 de La Cañada.